Первое упоминание о монастыре относится к 1628—1629 годам. В 1683 году в нем была построена сохранившаяся доныне пятиглавая каменная церковь Богоявления. В северо-западной части монастырской территории возвели теплую (то есть используемую для проведения богослужений в холодное время года) церковь Владимирской Божией Матери. К ней в 1869 году был пристроен придел Александра Невского. Монастырская колокольня имела пять колоколов и часы с боем, но была разрушена ураганом в 1873 году, и ее полностью перестроили.
В начале 1930-х годов монастырь закрыли. В его зданиях расположился музей живописи, церковной и фольклорной старины. Богоявленский храм в течение 20 лет служил складом детских игрушек, а часовня была превращена в лавку, где продавали керосин.
В конце 80-х в Богоявленском храме начались реставрационные работы. 24 сентября 1999 года Богоявленский мужской монастырь открылся вновь