В 1199 г. монастырь пострадал во время пожара. В 1219 г. состоялось новое «великое освящение» собора.
В 1230 г. учреждена архимандрия. «Рождественская обитель стала называться великою архимандриею». В 1238 г. монастырь разорен татарами.
В 2000 г. во время празднования двухтысячелетия христианства Богородице-Рождественский монастырь с великим торжеством принял святыню – честные мощи святителя Афанасия Ковровского. В 1920 г. он был наместником этой обители. После прославления святителя в лике новомучеников и исповедников Российских на юбилейном Соборе в августе 2000 г. по благословению Святейшего Патриарха 14 октября 2000 г. состоялось обретение честных мощей святителя Афанасия на Князь-Владимирском кладбище во Владимире. 29 октября того же года крестным ходом святые мощи были перенесены из Князь-Владимирского храма в Богородице-Рождественский монастырь.
21 августа 2004 г. в дни празднования 790-летия создания Владимирской епархии состоялось торжественное освящение нового Богородице-Рождественского собора. Постройки монастыря в настоящее время: Архиерейский дом с Христорождественским храмом, Богородице-Рождественский храм-памятник, колокольня с церковью во имя св. блгв. кн. Александра Невского, святые ворота, часовня свт. Николая Чудотворца, семинария, кельи, службы, ограда XVII-XIX вв.
На территории монастыря находятся епархиальный центр, духовная семинария.