Основан монастырь преподобным Лукианом Александровским 28 августа (10 сентября) 1650 года на месте явления в 1594 году иконы Божией Матери «Рождества Богородицы», впоследствии прозванной Лукиановской.
Он родился в 1610 г. в г. Галиче. С 8 лет воспитывался отцом в монастыре. Впервые пришел на место будущей обители в 1640 г. и был здесь пострижен в монашество. Был трижды изгоняем отсюда местными жителями. В Чудовом монастыре г. Москвы в 1646 г. рукоположен в священнический сан патриархом Иосифом. С помощью московских купцов отстроил храм Рождества Богородицы и кельи для монашествующих. В 1654 г. основал женский монастырь Успения Пресвятой Богородицы в г. Александрове по просьбе александровских купцов. Почил 8 (21) сентября 1655 г., память преставления празднуется на следующий день. Продолжателем дела прп. Лукиана стал прп. Корнилий. При нем обитель стала широко известна своим высоким духовным строем и внешним благолепием. С 1657 г. был он настоятелем и скончался в глубокой старости 24 августа 1681 г.
Лукианова пустынь опекалась государями Феодором, Иоанном и Петром Алексеевичами, другими лицами царского рода. До 2-й пол. 17 в. все постройки монастыря оставались деревянными, а в 1680-84 гг. по заказу царя Федора Алексеевича была сооружена каменная трапезная церковь Богоявления с приделом Федора Стратилата, небесного покровителя царя. В конце столетия развернулось строительство каменных келий: в 1690 г. был построен Казначейский корпус, в 1696 г. - Хлебные (Настоятельские) кельи и Больничная палата, а в 1712 г. - собор Рождества Богородицы, освященный в присутствии сестер царя Федора, царевен Марфы и Феодосии. Между собором и трапезной церковью в 1771 г. была поставлена небольшая часовенка над гробом Лукиана, основателя обители. При Больничной палате в 1714 г. была сооружена церковь Екатерины. К 1733 г. вокруг монастыря была сооружена каменная ограда с семью башнями.
В 1771 г. монастырская икона Рождества Богородицы прославилась еще одним чудом. После крестного хода, совершенного с образом вокруг г. Александрова, прекратилась эпидемия чумы. С того времени крестный ход стал совершаться ежегодно (традиция продолжается до сих пор), а икона стала повсеместно известной как "Лукиановская".
В нач. 19 в. был построен новый Братский корпус, а к югу от монастыря возвели монастырскую гостиницу. В 1894 г. интерьер собора Рождества Богородицы был расписан.
Монастырь имел собственный конный, кирпичный и изразцовый заводы, а также несколько мельниц. Пустыни принадлежали три деревянные часовни на Московской дороге и под Переславлем. В Москве у Сретенских ворот было подворье обители.
В 1922 г. монастырь был закрыт. Все имущество было вывезено, часть икон и святынь поругана и уничтожена. Местопребывание чудотворной иконы Рождества Богородицы доныне остается неизвестным. В обители поместили дом престарелых, с отделениями для душевнобольных и слепых.
В 1991 г. Лукианова пустынь первая во Владимирской епархии возродилась из небытия. В 1992 г. обретены святые мощи прп. Лукиана. Ныне они находятся в храме Богоявления в резной деревянной раке. Мощи прп. Корнилия были обретены в 1995 г. и положены в Троицком храме Успенского женского монастыря г. Александрова.
В 1999 г. по благословению патриарха Алексия II на Афоне греческим иконописцем схимонахом Паисием для обители была написана икона "Игумения Святой Горы Афон". К тому времени был полностью отремонтирован храм Богоявления. В 2001 г. была начата реставрация Богородице-Рождественского собора. По ряду причин она так и не была завершена, ограничившись восстановлением кровли, глав и куполов на храме. В 2002 г. была восстановлена южная стена – одна из первых каменных построек 1718 года. В 2005 г. восстановлена одна из семи башен, а в 2011 г. – еще одна.
В начале 2008 г. возглавлявший Лукианову пустынь в течение 17 лет архимандрит Досифей (Даниленко) был переведен для служения в Духовную миссию в Иерусалиме. Пробыв там менее года, 13 марта 2009 г. он, находясь в отпуске, скоропостижно скончался от сердечного приступа. Чин монашеского погребения был проведен 18 марта в Свято-Даниловом монастыре. Похоронен отец архимандрит на Троекуровском кладбище г. Москвы. В 2008 г. настоятелем Лукиановой пустыни был назначенигумен Тихон (Шебеко)
28-29 мая 2011 г. состоялись торжества, посвященные 20-летию возрождения Свято-Лукиановой пустыни и Свято-Успенского женского монастыря г. Александрова. Обитель была награждена медалью святого благоверного князя Андрея Боголюбского I степени «за усердное служение».